- Administracija
- Pacientų aptarnavimo skyrius
- Buhalterija
- Bendrasis skyrius
- Ūkio skyrius
- IT ir statistikos skyrius
- Naujosios Vilnios Šeimos medicinos centras
- Naujininkų Šeimos medicinos centras
- Konsultacijų skyrius
- Psichikos sveikatos centras
- Naujosios Vilnios diagnostikos skyrius
- Naujininkų diagnostikos skyrius
- Fizinės medicinos ir reabilitacijos skyrius
- Odontologijos skyrius